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name: sci-reference-audit
description: |
  SCI级文献真实性与引用一致性审计工具。对学术论文参考文献列表进行系统性联网核查，
  验证文献真实性、DOI有效性、作者/标题/期刊/年份/卷期页准确性，
  识别AI伪造文献，生成10节标准Markdown审计报告。
  核心特色：多轮次验证、多数据源交叉、多Agent并行互查、审计后自学习。
  触发词：审计文献、文献真实性、reference audit、查文献、验证引用、核查参考文献、
  文献核实、文献校验、假文献检测、SCI文献审计
allowed-tools:
  - Read
  - Write
  - Edit
  - Bash
  - WebSearch
  - WebFetch
  - Agent
  - AskUserQuestion
metadata:
  emoji: "🔬"
  category: academic
  trigger: 审计文献真实性/核查参考文献/验证引用准确性
  agent_created: true
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# SCI级文献真实性与引用一致性审计

对学术论文参考文献列表进行系统性联网核查，达到SCI期刊投稿前审计标准。
**核心原则：多轮次、多数据源、多Agent互查——任何单一来源的结论不可采信。**

## 适用场景

- 学术论文投稿前参考文献全面核查
- 识别AI伪造/幻觉文献
- 补全缺失的DOI、卷期页、作者列表
- 修正期刊名错误或缺失
- 标准化引用格式（Vancouver/AMA）
- 核查正文引用位置与参考文献的一致性
- 检测重复引用、编号错误等结构性问题

## 输入要求

用户需提供以下至少一项：
1. **文献列表文件**（.txt/.md/.docx）：包含待审计的参考文献
2. **直接粘贴的文献列表**：在对话中直接提供
3. **含文献列表的论文正文**：可同时进行引用位置审计

可选提供：
- 正文文件（用于引用位置核查）
- 指定审计范围（如"只查[1]-[10]"）
- 指定引用格式（默认Vancouver/AMA）
- 目标期刊（用于匹配特定期刊的引用格式要求）

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## 核心工作流：7阶段+多轮多源多Agent+自学习

```
┌──────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│  阶段〇：预检（结构性质检，不需联网）                                    │
│  ↓                                                                    │
│  阶段一：解析与分组                                                     │
│  ↓                                                                    │
│  阶段二：多Agent并行初查（第一轮）← Agent-PubMed / Agent-CrossRef 并行  │
│  ↓                                                                    │
│  阶段三：多源交叉复核（第二轮）← 不同来源验证第一轮结果                    │
│  ↓                                                                    │
│  阶段四：冲突仲裁与深度验证（第三轮）← Agent-Referee 解决冲突            │
│  ↓                                                                    │
│  阶段五：AI伪造识别 + 假文献替换                                        │
│  ↓                                                                    │
│  阶段六：正文引用位置核查                                               │
│  ↓                                                                    │
│  阶段七：报告生成 + 全局一致性检查 + 审计后自评 + 教训回流               │
└──────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
```

### 阶段〇：预检（Pre-flight Check）

在正式审计前，先执行**结构性质检**，这些检查不需要联网，可立即完成：

1. **编号连续性检查**：[1],[2],...无跳号/重复/格式不统一
2. **重复引用检测**：
   - 完全重复（作者+标题+期刊完全相同）
   - 变体重复（同一论文不同格式）
   - 检测方法：标题相似度 + 第一作者+年份+期刊组合去重 + DOI比对
3. **排序检查**：Vancouver按正文首次出现顺序；无正文按作者姓氏

预检输出：
```
📋 预检结果
- 总文献数：22条
- 编号连续性：✅ 连续 / ❌ 发现跳号[3]
- 重复引用：✅ 无重复 / ❌ [7]与[12]为同一论文
- 排序规则：按正文出现顺序 / 按作者姓氏
- 著录完整性：A级3条 / B级8条 / C级9条 / D级2条
```

### 阶段一：解析与分组（Parse & Partition）

1. 逐条解析参考文献，提取结构化字段：编号、作者、标题、期刊、年份、卷(期):页、DOI、PMID
2. 识别著录完整性等级：**A级**完整 / **B级**部分完整 / **C级**严重不完整 / **D级**仅标题+作者
3. 优先审计C/D级（高风险），再审计A/B级

### 阶段二：多Agent并行初查（第一轮 — Round 1）

**启动2-3个独立Agent，各自使用不同数据源，对同一批文献并行核查。**

| Agent | 主数据源 | 辅助数据源 | 适用文献 |
|-------|----------|-----------|----------|
| **Agent-PubMed** | PubMed E-utilities API | PubMed网页搜索 | 全部生物医学文献 |
| **Agent-CrossRef** | CrossRef API | Europe PMC API | 全部文献（侧重DOI） |
| **Agent-Journal** | 期刊官网/出版商 | Google Scholar | 高风险文献 |

> ≤8条文献：2个Agent；>20条：按5-8条一组分配。

**Agent Prompt模板**：参见 `references/agent_prompts.md`

**Agent结果整合**：对每条文献构建多源对照表：

| 字段 | Agent-PubMed | Agent-CrossRef | 是否一致 |
|------|-------------|---------------|----------|

判定规则：
- ✅ 两源一致 → 采信，标记"双源确认"
- ⚠️ 两源不一致 → 进入阶段四冲突仲裁
- ❌ 某源无法检索到 → 以另一源为准，标记"单源确认，待复核"
- ⚠️ 同一文献部分字段一致、部分不一致 → 一致字段采信，不一致字段进入阶段四仲裁

### 阶段三：多源交叉复核（第二轮 — Round 2）

**对第一轮中所有"发现问题的文献"执行交叉验证。核心规则：第一轮用PubMed的→第二轮必须用CrossRef/期刊官网；反之亦然。**

交叉验证矩阵：

| 第一轮主数据源 | 第二轮验证数据源 |
|----------------|-----------------|
| PubMed | CrossRef + 期刊官网 |
| CrossRef | PubMed + PMC |
| PubMed无结果 | Europe PMC + Google Scholar |
| Agent间结果不一致 | 期刊官网（权威来源） |

结果分类：**三源一致** → 最高置信度 | **双源一致** → 确认 | **单源确认** → 待手动确认 | **源间冲突** → 仲裁 | **全源无果** → AI伪造检测

### 阶段四：冲突仲裁与深度验证（第三轮 — Round 3）

**当Agent间出现结果冲突时，启动独立仲裁Agent（Agent-Referee）解决。**

仲裁规则：

| 冲突类型 | 仲裁规则 |
|----------|----------|
| 卷期页冲突 | 以PubMed正式记录为准 |
| 年份冲突 | 以PubMed正式卷期年份为准；检查Epub vs正式出版 |
| 期刊名冲突 | 以PubMed ISOAbbreviation（NLM缩写）为准 |
| DOI冲突 | 以CrossRef为准（DOI注册机构），实际解析两个DOI确认 |
| 作者列表冲突 | 以PubMed为准，按Vancouver格式截取 |
| 标题微小差异 | 以PubMed完整标题为准（含副标题） |

**Agent-Referee Prompt模板**：参见 `references/agent_prompts.md`

最终确认检查（所有文献）：
1. DOI解析验证：访问 `https://doi.org/[DOI]` 确认返回正确论文
2. 回溯验证：用修正后的完整元数据在PubMed搜索确认

### 阶段五：AI伪造文献识别

**前提**：文献在所有Agent和所有来源中均无法检索到。

AI伪造特征检查清单（7项）：过于完美的标题 / 不可验证的作者 / 不可验证的机构 / 期刊-内容不匹配 / DOI/PMID缺失且不可查 / 年份异常 / 引用量异常

判定流程：
- 2-3个来源无结果 + 3个以上AI特征 → ❌ 高度疑似AI伪造
- 所有来源无结果 + 5个以上AI特征 → ❌❌ 确认AI伪造

假文献替换：报告判定理由 → 提取正文引用意图 → 搜索替代文献 → 推荐2-3篇替换候选 → 用户决定

### 阶段六：正文引用位置核查

**仅在用户提供了正文时执行。**

一致性判断：✅一致 / ⚠️部分一致 / ❌不一致 / ❌过度推断 / ❌引而未用

额外检测：未引用检测（参考文献在正文中未被引用）

### 阶段七：报告生成 + 全局一致性检查 + 审计后自评

1. 生成标准10节Markdown报告，默认 `reference_audit_report.md`
2. 执行全局一致性检查（见下方清单）
3. **审计后自评**：参见 `references/quality_self_assessment.md`
4. **教训回流**：从本次审计中提炼新教训，写入 `references/audit_lessons.md`

---

## 置信度评分体系

**每条文献的每个字段都有独立的置信度评分。**

| 等级 | 定义 | 采信规则 |
|------|------|----------|
| **A** | 三源确认 | 直接采信 |
| **B** | 双源确认 | 采信，附注 |
| **C** | 单源确认 | 采信但标记"⚠️ 建议手动确认" |
| **D** | 仲裁确认 | 采信但标记"⚠️ 建议手动确认" |
| **E** | 无法验证 | 不修改原文 |
| **F** | 确认伪造 | 标记假文献，推荐替换 |

文献**总体置信度**取所有字段中的**最低置信度**。

---

## 多Agent并行执行策略

| 文献数量 | Agent数量 | 分配策略 |
|----------|----------|----------|
| ≤5条 | 2 | Agent-PubMed + Agent-CrossRef 各查全部 |
| 6-15条 | 2-3 | 按编号平分，高风险文献启动第3个 |
| 16-30条 | 3 | 分3组（前1/3 + 中1/3 + 后1/3），各分配1组Agent |
| >30条 | 3+ | 按8条一组分配，分批启动 |

Agent并行关键原则：
1. **独立运行**：互不干扰
2. **统一输入**：完全相同的原始文献列表
3. **结果汇总**：主Agent构建对照表
4. **冲突上报**：任何错误必须经另一Agent/数据源交叉验证
5. **单源禁改**：实质性修正需≥2个独立来源

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## 报告格式规范

报告必须包含10个章节。详细格式规范参见 `references/report_format.md`。

章节概要：
1. **总体审计摘要** — 统计表 + 总体可信度评级 + 多源验证统计
2. **逐条文献审计报告** — 每条10个子节（原始文献/Agent-PubMed/Agent-CrossRef/对照表/交叉复核/冲突仲裁/最终确认/存在问题/修正后文献/查询来源）
3. **查询网址列表** — 含使用Agent标注
4. **网址信息提取列表** — 完整元数据
5. **文献简报列表** — 含置信度
6. **前后修正对比表** — 含置信度
7. **最终可信参考文献列表** — 可直接复制使用
8. **正文引用位置核查列表** — 如有正文
9. **高风险问题列表** — 含风险等级和置信度
10. **最终审计结论** — 含多轮多源验证完整性声明

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## 引用格式标准

详细规范参见 `references/citation_format.md`。核心要点：

- Vancouver/AMA格式：`作者列表. 标题. 期刊缩写. 年份;卷(期):起页-止页. doi: 10.xxxx/xxxxx.`
- 作者：姓+名缩写无句点；≤6全部列出，>6用et al.；中间名首字母保留（如Karway GK）
- DOI格式：`doi: 10.xxxx/xxxxx`（非DOI: 或 https://doi.org/）
- 期刊缩写：NLM标准，速查参见 `references/journal_abbreviations.md`

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## 审计纪律（Critical Rules）

### ❗ 绝对禁止

1. **禁止凭记忆判断** — 所有结论基于联网检索
2. **禁止猜测修正** — 不确定则标记"待手动确认"
3. **禁止伪造URL** — 所有URL必须是实际访问过的
4. **禁止盲目修改正确内容** — 原文正确不得"修正"为错误
5. **禁止单源修正** — 实质性修正需≥2个独立来源
6. **禁止单Agent定论** — 错误结论须经另一Agent/数据源交叉验证

### ⚠️ 特别注意

1. **作者缩写**：PubMed "George K Karway" → Vancouver "Karway GK"（中间名首字母保留）
2. **在线发表vs正式出版**：以正式卷期年份为准
3. **中文文献**：拼音作者名+英文标题+Chin Med J格式；CNKI/万方补充验证
4. **姐妹刊混淆**：JAMA系列/Lancet系列/Nature系列/KI系列——必须核对ISSN
5. **多Agent结果整合**：绝不凭一个Agent结果修改原文，必须构建对照表

### ✅ 质量保障

1. 双源验证 / 逐条复核 / 全局一致性 / 多Agent互查
2. 用户反馈 → 立即启动2个Agent独立验证 → 承认错误 → 全局修正
3. **审计后自评**：参见 `references/quality_self_assessment.md`
4. **教训回流**：每次审计后提炼新教训，写入 `references/audit_lessons.md`

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## 报告全局一致性检查清单

修正任何条目后**必须逐一检查**：

- [ ] 章节一：统计数字 + 多源验证统计
- [ ] 章节二：该条10个子节
- [ ] 章节三：是否需补充URL + Agent标注
- [ ] 章节四：该条信息
- [ ] 章节五：该条简报 + 置信度
- [ ] 章节六：修正前后对比 + 置信度
- [ ] 章节七：该条最终引用
- [ ] 章节九：是否需增删 + 置信度
- [ ] 章节十：统计和建议 + 多源验证声明

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## 参考文件索引

| 文件 | 内容 | 何时加载 |
|------|------|----------|
| `references/agent_prompts.md` | Agent-PubMed/CrossRef/Journal/Referee的完整Prompt模板 | 启动Agent时 |
| `references/audit_lessons.md` | 实战教训库（教训1-N，持续积累） | 审计全程参照 |
| `references/journal_abbreviations.md` | NLM期刊缩写速查表+易混淆对比 | 验证期刊名时 |
| `references/search_templates.md` | 搜索策略矩阵+API查询模板+决策树+Semantic Scholar | 执行搜索时 |
| `references/quality_self_assessment.md` | 审计后自评+教训回流+增量审计+版本管理 | 报告生成后 |
| `references/citation_format.md` | 完整引用格式规范+特殊类型+姐妹刊警示 | 生成报告时 |
| `scripts/verify_dois.py` | 批量DOI解析验证脚本 | 第三轮最终确认 |

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## 任务管理

超过10条文献时，使用TaskCreate创建分阶段任务：

1. 预检+解析文献列表
2. 多Agent并行初查（第一轮）
3. 多源交叉复核（第二轮）
4. 冲突仲裁与深度验证（第三轮）
5. AI伪造识别+假文献替换
6. 生成审计报告
7. 全局一致性复查 + 审计后自评

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## 使用示例

| 场景 | 用户输入 | 工作流 |
|------|----------|--------|
| 基础审计 | `审计文献.txt中的文献真实性` | 预检→解析→多Agent初查→交叉验证→仲裁→报告→自评 |
| 指定范围 | `核查参考文献[9]-[16]` | 2个Agent并行→交叉验证→更新报告 |
| 含正文 | `审计引用准确性，正文main.md，文献ref.txt` | 多Agent核查+引用位置匹配 |
| 快速验证 | `验证Tangri N 2011 JAMA的DOI` | PubMed+CrossRef双源确认 |
| 假文献检测 | `检查有没有假文献` | 多Agent核查→AI伪造检查→替代推荐 |
| 格式标准化 | `统一成Vancouver格式` | 解析→补全→标准化 |
| 用户反馈 | `第22条你们给的不对` | 2个Agent独立验证→承认错误→全局修正 |

---

## 错误处理

| 情况 | 处理 |
|------|------|
| 所有来源无法检索 | AI伪造特征检查→标记疑似假文献 |
| CrossRef与PubMed不一致 | PubMed为准+Agent-Referee仲裁 |
| DOI解析返回不同论文 | 标记不匹配+双源确认修正 |
| Agent间结果冲突 | Agent-Referee仲裁 |
| 某Agent报告错误但另一Agent未发现 | 第三来源验证——不能忽略 |
| 用户指出报告错误 | 立即2个Agent独立验证+全局修正 |
| 期刊网站反爬虫 | PubMed/CrossRef替代+标记"来源受限" |
| Agent超时/中断 | 标记该Agent负责的文献为"未完成"，用另一Agent补查+标记"单源确认" |
| 大量文献(>30)分批超时 | 按批次保存中间结果到审计日志，断点续审 |

---

## 重复引用检测阈值

判断两条文献是否为同一论文的不同格式：

| 判定条件 | 判定结果 |
|----------|----------|
| DOI相同 | ❗ 确认重复（同一论文） |
| 第一作者姓氏+年份+期刊+卷期页完全相同 | ❗ 高度疑似重复 |
| 标题规范化后（去标点/空格/大小写）相似度≥90% | ⚠️ 疑似重复，需人工确认 |
| 仅作者+年份相同但标题/期刊不同 | ✅ 非重复（同年同作者不同论文） |

---

## 审计结果交付

1. `deliver_attachments` 发送报告文件
2. `open_result_view` 呈现报告
3. 口头摘要（3-5句）：总体评级 + 最严重问题 + 多源验证覆盖率 + 需手动确认项 + 下一步建议

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## 配置选项

| 选项 | 默认值 | 说明 |
|------|--------|------|
| 引用格式 | Vancouver/AMA | 可指定APA/Harvard |
| 审计深度 | 三轮+多Agent | 可简化（会降低置信度） |
| 并行Agent数 | 2-3 | 按文献数量自动调整 |
| 最少验证来源数 | 2 | 实质性修正最低来源数 |
| AI伪造检测 | 开启 | 可关闭以加速 |
| 替换文献推荐 | 开启 | 检测到假文献时搜索替代 |

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## 版本历史

| 版本 | 日期 | 变更 |
|------|------|------|
| 3.3.0 | 2026-05-24 | **全面质检修复**：修正Semantic Scholar速率限制数据（无密钥100次/5min，非1000次）；verify_dois.py标题子串匹配增加60%长度阈值防误匹配；16-30条Agent分配策略明确为3组（非2组）；教训13/14消除与SKILL.md规则重复改为侧重经验洞察；补充PubMed E-utilities速率限制（3次/秒）；自评检查清单9→10章节；Agent结果整合增加"部分字段不一致"处理规则；report_format.md补充Corrected (D-grade)状态；Agent-Journal查询方式补充Semantic Scholar；期刊缩写表BMJ全称去The；教训库数量描述改为N条（持续积累） |
| 3.2.0 | 2026-05-24 | **精细化修复**：修正错别字（章业九→章节九）；统一状态命名（Corrected Single-Source→Corrected C-grade）；Agent Prompt明确指定general-purpose类型；补充Agent超时/中断处理；补充重复引用检测量化阈值；补充Semantic Scholar API；CrossRef礼貌池说明；clarify参考文献索引描述 |
| 3.1.0 | 2026-05-24 | **自学习升级**：添加agent_created标记；Agent Prompt移入references/；新增审计后自评+教训回流+增量审计+版本管理+审计日志+质量自评清单（`quality_self_assessment.md`）；新增批量DOI验证脚本（`verify_dois.py`）；SKILL.md精简为核心工作流+规则 |
| 3.0.0 | 2026-05-24 | 多Agent并行互查+置信度评分+7阶段工作流+冲突仲裁 |
| 2.1.0 | 2026-05-24 | 预检+AI伪造识别+PubMed E-utilities+全局一致性清单 |
| 2.0.0 | 2026-05-24 | 初始版本 |