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Alignement de lectures longues avec sublong

VérifiéSûr

Alignement de lectures longues (PacBio, Oxford Nanopore) sur un génome de référence avec sublong, avec mode ARN-seq optionnel.

Spar Skills Guide Bot
Data & IAIntermédiaire
2006/08/2026
Claude CodeCursorWindsurfCopilotCodex
#sublong#subread#long-read-alignment#bioinformatics#rna-seq

Recommandé pour

Claude CodeCursorCopilotWindsurfData scientistCodex

Notre avis

Aligne de longues lectures FASTQ sur un génome de référence avec l'aligneur sublong de Subread, avec un mode RNA-seq optionnel.

Points forts

  • Gère les lectures longues PacBio et Oxford Nanopore
  • Propose un alignement génomique ou transcriptomique (RNA-seq)
  • Produit du BAM par défaut, avec possibilité de SAM explicite
  • Interface en ligne de commande simple avec contrôle du nombre de threads

Limites

  • Nécessite un index Subread complet à un seul bloc
  • Accepte uniquement les entrées FASTQ ou FASTQ gzippé
  • Les options d'aide (-h, --help) sont peu fiables ; utiliser -v pour la version
Quand l'utiliser

À utiliser pour mapper des lectures longues sur un index de référence Subread à un seul bloc et produire des alignements BAM ou SAM.

Quand l'éviter

Ne pas utiliser pour l'alignement de lectures courtes, les index multi-blocs ou d'autres formats d'entrée que FASTQ.

Analyse de sécurité

Sûr
Score qualité90/100

The skill only provides usage instructions for the sublong bioinformatics tool. The commands involve reading input files and writing output files with no destructive or exfiltrating operations. No network calls, shell piping, or dangerous flags are present.

Aucun point d'attention détecté

Exemples

Align long reads to a reference genome
Run sublong to align the file long_reads.fastq.gz against the reference index long_index, output BAM to long_reads.bam using 8 threads.
RNA-seq alignment of isoform reads
Use sublong in RNA-seq mode with -X to align isoform_reads.fastq.gz to the transcriptome index transcriptome_index, producing isoform_reads.bam.
Output SAM instead of BAM
Align long_reads.fastq.gz with sublong using index long_index and write the alignment as SAM using --SAMoutput.

name: sublong description: Use when aligning long FASTQ reads to a reference genome with Subread's long-read aligner, optionally in RNA-seq mode. disable-model-invocation: true user-invocable: true

sublong

Quick Start

  • Command: sublong -i <index_name> -r <input.fastq> -o <output.bam>
  • Local executable: /home/vimalinx/miniforge3/envs/bio/bin/sublong
  • Full reference: See references/help.md

When To Use This Tool

  • Aligning long reads (e.g., PacBio, Oxford Nanopore) to a reference genome
  • Mapping reads against a full Subread index with a single block
  • Producing BAM or SAM output for downstream analysis
  • RNA-seq mode alignment via the -X flag

Common Patterns

# Align long genomic reads and write BAM output
sublong -i long_index -r long_reads.fastq.gz -o long_reads.bam -T 8

# Run in long-read RNA-seq mode
sublong -i transcriptome_index -r isoform_reads.fastq.gz -o isoform_reads.bam -X -T 8

# Emit SAM instead of BAM
sublong -i long_index -r long_reads.fastq.gz -o long_reads.sam --SAMoutput

Recommended Workflow

  1. Build a full one-block Subread index first, usually via subread-buildindex -F -B.
  2. Prepare long reads in FASTQ or gzipped FASTQ format.
  3. Decide whether you want standard genomic alignment or RNA-seq mode with -X.
  4. Run sublong with an explicit output file and thread count.
  5. Validate the BAM or SAM output before downstream quantification, QC, or variant analysis.

Guardrails

  • The index must be a full index with exactly one block; multi-block indexes are not supported
  • Input must be FASTQ or gzipped FASTQ; other formats are not accepted
  • Default output is BAM; use --SAMoutput explicitly if SAM format is required
  • -h is not a true help switch here. Local testing shows --help and --version both print usage text and then complain about the unrecognized option; -v is the real version flag.
  • -o is mandatory for sublong; unlike some other Subread tools, output is not optional.
  • -X switches on RNA-seq mode but does not replace the need for an index compatible with the same reference build you expect downstream.
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