Skills Guide

Échange de sites atomistiques

VérifiéSûr

Proposer des permutations de sites de réseau pour abaisser l'énergie relaxée d'une configuration à composition fixe. Utilisé lors de l'optimisation de l'occupation des sites.

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Spar Skills Guide Bot
Data & IAAvancé
22/07/2026
Claude CodeCursorCodex
#materials-science#atomistic-simulation#energy-minimization#agentic-optimizer#json-output

Recommandé pour

Claude CodeCursorCodexData scientistData & analyse

Synthèse automatique

Guide un agent qui propose des permutations d'occupation de sites cristallins à composition fixe afin d'abaisser l'énergie relaxée d'une configuration atomistique.

Points forts

  • Définit un protocole de réponse strict en JSON (liste de paires d'indices à échanger, indicateur d'arrêt), directement exploitable par un optimiseur automatique.
  • Pose des contraintes explicites et vérifiables : composition constante, sites du réseau uniquement, atomes de charpente figés, X traité comme lacune.
  • Fournit une stratégie par phases (diversification, exploitation, ajustements locaux) et des critères d'arrêt clairs.
  • Rappelle les pièges classiques : échanges entre espèces identiques, doublons d'occupation déjà visités.

Limites

  • Fortement couplé à l'écosystème Agenticoptimizer et à un fichier config.toml avec des clés précises (swap_params.lattice_sites, atom_swaps, ratio).
  • Suppose que l'agent reçoit l'occupation courante, l'énergie et l'historique ; aucune méthode n'est donnée pour estimer l'effet d'un échange avant relaxation.
  • Ne traite que les permutations à composition fixe : aucune piste pour changer de cellule, de charpente ou de ratio.
Quand l'utiliser

À utiliser lorsqu'il faut choisir quels sites du réseau échanger pour réduire l'énergie d'une configuration à composition imposée dans une boucle d'optimisation agentique.

Quand l'éviter

À éviter si l'objectif implique de modifier la composition, la taille de la cellule ou la charpente, ou si l'environnement ne fournit pas l'occupation et l'énergie à chaque étape.

Analyse de sécurité

Sûr
Score qualité82/100

The skill only instructs an agent to propose lattice-site swaps and return JSON; it does not request shell execution, network access, file writes, secret handling, or destructive operations. No tools are declared, so execution risk is minimal.

Aucun point d'attention détecté

Comment cette analyse est faite

Exemples

Propose swaps from current occupancy
Current occupancy (lattice sites 0-15): Na Na Na X Na Na X Na Na Na Na X Na Na Na Na. Energy: -412.37 eV, previous best -412.10 eV. Composition must stay 66% Na / 34% X. Propose the next site swaps as JSON.
Break up clustering after an energy stall
Energy has not improved in the last 5 steps and the configuration still shows a block of four adjacent Na sites at indices 4-7. Suggest swaps that break that clustering without changing species counts, and return only the JSON move.
Decide whether to stop
History shows no energy improvement for 8 consecutive steps and the current occupancy already appeared earlier in the run. Tell me if we should stop optimizing, using the JSON done response.

name: atom-site-swap description: >- Propose Na/X (or configured) lattice-site swaps to lower the relaxed energy of a fixed-composition configuration. Use when optimizing site occupancy in Agenticoptimizer, reading energy feedback, or choosing which atoms to exchange.

Atomistic site-swap agent

Goal

Find a low-energy arrangement of species on the lattice sites at a fixed composition (ratios from config.toml). This replaces genetic-algorithm operators: you choose which sites to swap.

Do not change the number of each species. Only permute occupations on lattice sites.

Domain rules

  1. Lattice sites come from swap_params.lattice_sites (e.g. all Na positions in the supercell).
  2. Allowed species are swap_params.atom_swaps (e.g. Na and X).
  3. X means a vacancy. It is removed before relaxation; do not invent other elements.
  4. Composition must stay at swap_params.ratio (e.g. [0.66, 0.34] → ~66% first species, ~34% second).
  5. Framework atoms (everything that is not a lattice site) are fixed — never swap them.
  6. Lower relaxed total energy is better. Prefer swaps that break unfavorable clustering or improve mixing when energy stalls.

How to propose a move

Each step you receive:

  • current occupancy as a list of symbols, one per lattice site index 0 .. N-1
  • current energy (eV) and recent history
  • counts of each species (must be preserved)

Respond with only a JSON object (no markdown fences, no commentary):

{"swaps": [[i, j], [k, l]], "rationale": "short reason"}
  • Each [i, j] exchanges the species on sites i and j.
  • Prefer 1–4 swaps per step; more is allowed if justified.
  • Only swap pairs that currently have different species (otherwise the move is a no-op).
  • Site indices must be in range and refer to lattice sites only.

If you believe the current configuration is optimal enough to stop:

{"swaps": [], "done": true, "rationale": "why stop"}

Strategy hints

  • Early: diversify — break large same-species clusters; sample different local arrangements.
  • Mid: exploit — refine neighborhoods that previously lowered energy.
  • Late: small local swaps only; stop when energy no longer improves for several steps.
  • Never propose a move that changes species counts.
  • Avoid repeating an occupancy that already appears in the history.

What you must not do

  • Do not change cell size, framework chemistry, or the target ratio.
  • Do not request DFT settings changes mid-run; relaxation params come from config.
  • Do not output prose outside the JSON object.

Du fichier au premier essai

Le téléchargement contient exactement le contenu affiché sur cette fiche. Cette copie peut différer de la dernière version du dépôt source.

Consulter la source et ses fichiers annexes

Ce téléchargement contient uniquement SKILL.md. Les scripts, références, modèles et dépendances éventuels ne sont pas inclus. Récupérez les fichiers nécessaires depuis la source en conservant leur arborescence avant de poursuivre.

1. Télécharger le fichier

Télécharger SKILL.md

Depuis la racine d’un projet de test, enregistrez le fichier sous .skill-downloads/atomistic-site-swap-mrwakezh/SKILL.md, ou utilisez la commande suivante. Ce dossier sert à examiner la skill avant son installation.

Commande pour macOS/Linux ou WSL : un shell POSIX et curl sont nécessaires. Sous Windows sans WSL, utilisez le bouton de téléchargement et créez le dossier manuellement.

mkdir -p '.skill-downloads/atomistic-site-swap-mrwakezh' && curl --fail --show-error --location 'https://skills-guides.com/api/skills/atomistic-site-swap-mrwakezh/download' --output '.skill-downloads/atomistic-site-swap-mrwakezh/SKILL.md.part' && mv '.skill-downloads/atomistic-site-swap-mrwakezh/SKILL.md.part' '.skill-downloads/atomistic-site-swap-mrwakezh/SKILL.md'

2. Vérifier les prérequis

Lisez SKILL.md avant de l’utiliser. Si le fichier cite des scripts ou services externes, examinez-les et préparez les accès nécessaires dans votre environnement de test.

Aucune section de prérequis reconnue dans ce fichier. Cela ne signifie pas qu’il est autonome : les bibliothèques, outils et accès peuvent être cités ailleurs dans le contenu ou dans le dépôt source.

Les plateformes de la fiche sont des indications du catalogue. Les chemins ci-dessous suivent la documentation des outils ; ils ne prouvent pas que cette skill y a été exécutée. Aucune version minimale de ces outils n’est attestée pour cette fiche.

3. Charger la skill

Après vérification, copiez le dossier complet dans le projet avec l’une des commandes ci-dessous, puis ouvrez une nouvelle session de l’outil. La commande s’arrête si un dossier du même nom existe déjà : comparez les fichiers avant de le remplacer.

Claude Code
test -f '.skill-downloads/atomistic-site-swap-mrwakezh/SKILL.md' && test -s '.skill-downloads/atomistic-site-swap-mrwakezh/SKILL.md' && mkdir -p '.claude/skills' && test ! -e '.claude/skills/atom-site-swap' && cp -R '.skill-downloads/atomistic-site-swap-mrwakezh' '.claude/skills/atom-site-swap'

Cursor
test -f '.skill-downloads/atomistic-site-swap-mrwakezh/SKILL.md' && test -s '.skill-downloads/atomistic-site-swap-mrwakezh/SKILL.md' && mkdir -p '.cursor/skills' && test ! -e '.cursor/skills/atom-site-swap' && cp -R '.skill-downloads/atomistic-site-swap-mrwakezh' '.cursor/skills/atom-site-swap'

Codex
test -f '.skill-downloads/atomistic-site-swap-mrwakezh/SKILL.md' && test -s '.skill-downloads/atomistic-site-swap-mrwakezh/SKILL.md' && mkdir -p '.agents/skills' && test ! -e '.agents/skills/atom-site-swap' && cp -R '.skill-downloads/atomistic-site-swap-mrwakezh' '.agents/skills/atom-site-swap'

OpenSkills

OpenSkills doit déjà être installé. La procédure locale install/read est contrôlée avec OpenSkills 1.5.0, qui exige Node.js ≥ 20.6.0. Aucun slug du catalogue n’est résolu automatiquement.

Installation officielle d’OpenSkills
openskills install './.skill-downloads/atomistic-site-swap-mrwakezh'

openskills read 'atomistic-site-swap-mrwakezh'

La lecture doit afficher le contenu du fichier installé et son dossier de base. Elle ne lance ni la skill ni ses dépendances.

Pour un agent qui lit AGENTS.md, synchronisez ensuite l’index. Cette commande modifie AGENTS.md : relisez le diff avant de l’utiliser.

openskills sync

Mode manuel ou autre outil : joignez SKILL.md à une conversation, ou ouvrez-le dans un agent capable de lire les fichiers. Ajoutez les ressources annexes nécessaires. Il n’existe pas de dossier universel reconnu par tous les outils.

4. Faire un premier essai

Utilisez une entrée courte et fictive : un endpoint d’API, un petit document ou un brief d’interface. Dans une nouvelle conversation, joignez le fichier ou donnez son chemin à l’agent, puis adaptez cette demande :

Lis .skill-downloads/atomistic-site-swap-mrwakezh/SKILL.md et applique ses instructions à cet exemple : [décrire une entrée de test]. Indique les fichiers, dépendances ou accès qui manquent. Produis le résultat demandé par la skill sans inventer de données ni exécuter de script non examiné.

Résultat attendu : une sortie correspondant aux instructions de la skill, ou une liste précise des prérequis manquants. Une simple confirmation de lecture ne valide pas le premier usage. Si une ressource externe est indisponible, ce parcours reste à tester.

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