Notre avis

Génère des figures de topologie des données (TDA) prêtes pour publication, en respectant les conventions de style du projet.

Points forts

Impose des constantes de style cohérentes et des tailles de figure standardisées.
Fournit des gabarits pour les diagrammes de persistance, codes à barres, histogrammes nuls et comparaisons de paysages.
Gère automatiquement les chemins de sortie et le format PDF/PNG.
Respecte des règles de couleurs et d'annotations spécifiques pour des publications scientifiques.

Limites

Spécifique au codebase trajectory_tda et à ses constantes, non générique.
Ne permet pas de personnalisation avancée au-delà des gabarits fournis.
Nécessite que le projet soit déjà structuré avec les modules de visualisation.

Quand l'utiliser

Lors de la création de figures TDA pour un article ou une présentation dans un projet avec des conventions de visualisation établies.

Quand l'éviter

Pour des tracés exploratoires rapides hors du projet ou des visualisations qui ne nécessitent pas les gabarits TDA.

Exemples

Persistence diagram

Create a persistence diagram figure for paper P01-B using /tda-figure-spec.

Null histogram

Generate a null-histogram for the permutation test in P01-A, following the TDA figure spec.

Landscape comparison

Use /tda-figure-spec to produce a landscape comparison plot for the supplementary material.

/tda-figure-spec — Generate Publication-Ready TDA Figures

Scaffold matplotlib figure code following the established trajectory_tda/viz/ conventions. Uses PUBLICATION_RC, DPI, FIGSIZE_*, STATE_COLORS, and _save_figure from the codebase — never ad-hoc sizes or colours.

Usage

/tda-figure-spec [figure-type] [paper-number]

Example: /tda-figure-spec persistence-diagram P01-B Example: /tda-figure-spec null-histogram P01-A Example: /tda-figure-spec (interactive)

Style constants (always import from trajectory_tda/viz/constants.py)

from trajectory_tda.viz.constants import (
    DPI, FIGSIZE_FULL, FIGSIZE_WIDE, FIGSIZE_HALF, FIGSIZE_SQUARE,
    PUBLICATION_RC, STATE_COLORS, STATES, STATE_LABELS, REGIME_LABELS,
)
import matplotlib.pyplot as plt
plt.rcParams.update(PUBLICATION_RC)

Figure size guide

| Use case | Constant | Size | |---|---|---| | Single full-width plot | FIGSIZE_FULL | 190mm × 120mm | | Wide two-panel | FIGSIZE_WIDE | 190mm × 104mm | | Half-width single panel | FIGSIZE_HALF | 90mm × 120mm | | Square heatmap | FIGSIZE_SQUARE | 90mm × 90mm |

Save function (always use this pattern)

def _save_figure(fig, output_dir: Path, name: str) -> None:
    output_dir.mkdir(parents=True, exist_ok=True)
    fig.savefig(output_dir / f"{name}.pdf", format="pdf")
    fig.savefig(output_dir / f"{name}.png", format="png", dpi=DPI)

Colour rules

State space: always STATE_COLORS dict — never tab10 or default cycle
Observations: #2d6a2e (green); Null: steelblue; Dim 0: green; Dim 1: #1a237e
Regimes: plt.cm.tab10 with REGIME_LABELS order
Sequential/diverging: viridis, plasma, RdBu_r — never jet

Annotation standards

p-values: write p=0.003, not p<0.01
Axes: remove top and right spines; keep bottom and left
Legends: frameon=False
Subplot labels: ax.text(0.02, 0.97, "(a)", transform=ax.transAxes, ...)

Figure templates available

| Template | When to use | |---|---| | plot_persistence_diagram(diagram, dim, ax) | Scatter birth-death pairs | | plot_barcode(diagram, dim, ax) | Feature lifetimes sorted by persistence | | plot_null_histogram(observed, null_dist, p_value, dim, ax) | Permutation test result | | plot_landscape_comparison(obs, null, grid, ax) | L² landscape distance (mandatory) |

Output paths

| Context | Path | Naming | |---|---|---| | Production paper figure | papers/PXX/figures/ | fig{N}_{desc}.{pdf\|png} | | Supplement | papers/PXX/figures/ | figS{N}_{desc}.{pdf\|png} | | Working / exploratory | figures/{domain}/ | YYYYMMDD_{desc}.png |

Working figures must not be saved to papers/PXX/figures/ — that is for production only.

Générer des figures TDA pour publication

Recommandé pour