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sublong : Aligneur de longues lectures

VérifiéSûr

Aligner de longues lectures (PacBio, Oxford Nanopore) sur un génome de référence avec le long-read aligner de Subread, y compris en mode RNA-seq.

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Data & IAIntermédiaire
23/07/2026
Claude Code
#bioinformatics#long-read-alignment#subread#fastq#genomics

Recommandé pour

Claude CodeData scientistData & analyse

Synthèse automatique

Aligne de longs reads FASTQ (PacBio, Oxford Nanopore) sur un génome de référence avec l'aligneur long-read de Subread, en mode génomique ou ARN-seq.

Points forts

  • Optimisé pour les longs reads de séquençage
  • Prend en charge le mode ARN-seq via l'option -X
  • Produit des fichiers BAM ou SAM exploitables en aval

Limites

  • Nécessite un index Subread complet à un seul bloc
  • Format d'entrée limité au FASTQ (ou gzippé)
  • L'option -h n'affiche pas l'aide correctement
Quand l'utiliser

Utilisez sublong lorsque vous devez aligner des longs reads (PacBio, ONT) sur un génome de référence pour produire un fichier BAM ou SAM.

Quand l'éviter

Évitez sublong si vos reads sont courts ou si vous disposez d'un index multi-blocs, car il n'est pas adapté à ces cas.

Analyse de sécurité

Sûr
Score qualité90/100

The skill only documents safe, standard bioinformatics commands (sublong alignment). No destructive actions, data exfiltration, or obfuscated payloads. The tool is a local executable, and usage is limited to alignment tasks.

Aucun point d'attention détecté

Comment cette analyse est faite

Exemples

Basic long-read alignment
Align the long reads in long_reads.fastq.gz to the index named long_index using sublong with 8 threads, outputting BAM to aligned.bam.
RNA-seq mode alignment
Run sublong in RNA-seq mode (-X) to align isoform reads from isoform_reads.fastq.gz against the transcriptome index transcriptome_index, output BAM to isoforms.bam with 8 threads.
SAM output format
Align long_reads.fastq.gz to index long_index using sublong and output in SAM format (not BAM) to aligned.sam.

name: sublong description: Use when aligning long FASTQ reads to a reference genome with Subread's long-read aligner, optionally in RNA-seq mode. disable-model-invocation: true user-invocable: true

sublong

Quick Start

  • Command: sublong -i <index_name> -r <input.fastq> -o <output.bam>
  • Local executable: /home/vimalinx/miniforge3/envs/bio/bin/sublong
  • Full reference: See references/help.md

When To Use This Tool

  • Aligning long reads (e.g., PacBio, Oxford Nanopore) to a reference genome
  • Mapping reads against a full Subread index with a single block
  • Producing BAM or SAM output for downstream analysis
  • RNA-seq mode alignment via the -X flag

Common Patterns

# Align long genomic reads and write BAM output
sublong -i long_index -r long_reads.fastq.gz -o long_reads.bam -T 8

# Run in long-read RNA-seq mode
sublong -i transcriptome_index -r isoform_reads.fastq.gz -o isoform_reads.bam -X -T 8

# Emit SAM instead of BAM
sublong -i long_index -r long_reads.fastq.gz -o long_reads.sam --SAMoutput

Recommended Workflow

  1. Build a full one-block Subread index first, usually via subread-buildindex -F -B.
  2. Prepare long reads in FASTQ or gzipped FASTQ format.
  3. Decide whether you want standard genomic alignment or RNA-seq mode with -X.
  4. Run sublong with an explicit output file and thread count.
  5. Validate the BAM or SAM output before downstream quantification, QC, or variant analysis.

Guardrails

  • The index must be a full index with exactly one block; multi-block indexes are not supported
  • Input must be FASTQ or gzipped FASTQ; other formats are not accepted
  • Default output is BAM; use --SAMoutput explicitly if SAM format is required
  • -h is not a true help switch here. Local testing shows --help and --version both print usage text and then complain about the unrecognized option; -v is the real version flag.
  • -o is mandatory for sublong; unlike some other Subread tools, output is not optional.
  • -X switches on RNA-seq mode but does not replace the need for an index compatible with the same reference build you expect downstream.

Du fichier au premier essai

Le téléchargement contient exactement le contenu affiché sur cette fiche. Cette copie peut différer de la dernière version du dépôt source.

Consulter la source et ses fichiers annexes

Ce téléchargement contient uniquement SKILL.md. Les scripts, références, modèles et dépendances éventuels ne sont pas inclus. Récupérez les fichiers nécessaires depuis la source en conservant leur arborescence avant de poursuivre.

1. Télécharger le fichier

Télécharger SKILL.md

Depuis la racine d’un projet de test, enregistrez le fichier sous .skill-downloads/sublong-long-read-aligner-mrwak9j2/SKILL.md, ou utilisez la commande suivante. Ce dossier sert à examiner la skill avant son installation.

Commande pour macOS/Linux ou WSL : un shell POSIX et curl sont nécessaires. Sous Windows sans WSL, utilisez le bouton de téléchargement et créez le dossier manuellement.

mkdir -p '.skill-downloads/sublong-long-read-aligner-mrwak9j2' && curl --fail --show-error --location 'https://skills-guides.com/api/skills/sublong-long-read-aligner-mrwak9j2/download' --output '.skill-downloads/sublong-long-read-aligner-mrwak9j2/SKILL.md.part' && mv '.skill-downloads/sublong-long-read-aligner-mrwak9j2/SKILL.md.part' '.skill-downloads/sublong-long-read-aligner-mrwak9j2/SKILL.md'

2. Vérifier les prérequis

Lisez SKILL.md avant de l’utiliser. Si le fichier cite des scripts ou services externes, examinez-les et préparez les accès nécessaires dans votre environnement de test.

Aucune section de prérequis reconnue dans ce fichier. Cela ne signifie pas qu’il est autonome : les bibliothèques, outils et accès peuvent être cités ailleurs dans le contenu ou dans le dépôt source.

Les plateformes de la fiche sont des indications du catalogue. Les chemins ci-dessous suivent la documentation des outils ; ils ne prouvent pas que cette skill y a été exécutée. Aucune version minimale de ces outils n’est attestée pour cette fiche.

3. Charger la skill

Après vérification, copiez le dossier complet dans le projet avec l’une des commandes ci-dessous, puis ouvrez une nouvelle session de l’outil. La commande s’arrête si un dossier du même nom existe déjà : comparez les fichiers avant de le remplacer.

Claude Code
test -f '.skill-downloads/sublong-long-read-aligner-mrwak9j2/SKILL.md' && test -s '.skill-downloads/sublong-long-read-aligner-mrwak9j2/SKILL.md' && mkdir -p '.claude/skills' && test ! -e '.claude/skills/sublong' && cp -R '.skill-downloads/sublong-long-read-aligner-mrwak9j2' '.claude/skills/sublong'

OpenSkills

OpenSkills doit déjà être installé. La procédure locale install/read est contrôlée avec OpenSkills 1.5.0, qui exige Node.js ≥ 20.6.0. Aucun slug du catalogue n’est résolu automatiquement.

Installation officielle d’OpenSkills
openskills install './.skill-downloads/sublong-long-read-aligner-mrwak9j2'

openskills read 'sublong-long-read-aligner-mrwak9j2'

La lecture doit afficher le contenu du fichier installé et son dossier de base. Elle ne lance ni la skill ni ses dépendances.

Pour un agent qui lit AGENTS.md, synchronisez ensuite l’index. Cette commande modifie AGENTS.md : relisez le diff avant de l’utiliser.

openskills sync

Mode manuel ou autre outil : joignez SKILL.md à une conversation, ou ouvrez-le dans un agent capable de lire les fichiers. Ajoutez les ressources annexes nécessaires. Il n’existe pas de dossier universel reconnu par tous les outils.

4. Faire un premier essai

Utilisez une entrée courte et fictive : un endpoint d’API, un petit document ou un brief d’interface. Dans une nouvelle conversation, joignez le fichier ou donnez son chemin à l’agent, puis adaptez cette demande :

Lis .skill-downloads/sublong-long-read-aligner-mrwak9j2/SKILL.md et applique ses instructions à cet exemple : [décrire une entrée de test]. Indique les fichiers, dépendances ou accès qui manquent. Produis le résultat demandé par la skill sans inventer de données ni exécuter de script non examiné.

Résultat attendu : une sortie correspondant aux instructions de la skill, ou une liste précise des prérequis manquants. Une simple confirmation de lecture ne valide pas le premier usage. Si une ressource externe est indisponible, ce parcours reste à tester.

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